ความลับเกี่ยวกับวิวัฒนาการเมก้าค่อยๆเปิดเผยออกมาทีละนิด ทางด้านเอ็กซ์ก็ได้โปเกมอนใหม่มาเสริมทัพ และต้องพบกับการต่อสู้ที่รุนแรงขึ้นเรื่อยๆ ! ขณะเดียวกัน ที่มาสเตอร์ทาวเวอร์ซึ่งเป็นที่มั่นของตระกูลผู้สืบทอดวิวัฒนาการเมก้า ผู้รุกรานในชุดเมคานิคัลสูท ราวกับกระสุนปืนใหญ่สีดำนามเอสพรีก็ได้กรากฏตัวขึ้น !